GEC

Introduction

L’équipe GEC est constituée d’enseignants-chercheurs et est donc engagée dans la découverte de nouvelles connaissances ainsi que dans leur diffusion via un enseignement classique ou directement sur internet.

Domaines d’expertises : Mycologie, Génétique et épigénétique, Régulation/différentiation, énergie, Déconstruction de la biomasse.

Responsable d’équipe

Philippe Silar
(PR)

Anciens Membres

• JAMET-VIERNY Corinne, maître de conférences (1997-2004)
• MALAGNAC Fabienne, maître de conférences Univ. P7 Denis Diderot, Habilitée à Diriger les Recherches (2002-2014)
• LALUCQUE Hervé, maître de conférences Univ. P7 Denis Diderot (2007-2015)
• CHAPELAND-LECLERC Florence, maître de conférences Univ. P5 René Descartes, Habilitée à Diriger les Recherches (2009-2015)
• RUPRICH-ROBERT Gwenaël, maître de conférences Univ. P5 René Descartes (2009-2015)
• BRUN Sylvain, maître de conférences Univ. P7 Denis Diderot (2007-2021)
• ROSSIGNOL Michèle, IE CNRS (1994-1999)
• HAEDENS Vicki, IE CNRS (1997-2004)
• FRANCOIS Sylvie, ADT (2006-2013)
• DAUGET Jean-Marc, IE Univ. paris 7 (2015-2019)
• CANGEMI Sylvie, AGT (20014-2022)
• GAGNY Bénédicte, doctorante (1994-1998)
• LALUCQUE Hervé, doctorant (1998-2002)
• KICKA Sébastien, doctorant (2001-2005)
• GOARIN Anne, doctorante (2008-2011)
• GROGNET Pierre, doctorant (2010-2013)
• XIE Ning, doctorant Univ. P7 Denis Diderot + postdoc (2010-2014)
• TANGTHIRASUNUN Narumon, doctorante (2011-2014) et Postdoctorante Ambassade de France Bangkok
• NGUYEN Tinh-Suong, Doctorante (2015-2018)
• DEMOOR Alexander, Doctorant Univ. Paris 7 (2017-2021)
• BROZZATTI Lorenzo, Thèse d’exercice Erasmus (2014)
• GANESAN Latha Prabha, postdoctorant (2000-2001)
• SOBERING Andrew K, postdoctorant (2002)
• GRISSA Ibtissem, postdoc ATER Univ. P7 Denis Diderot (2009-2010)
• DILMAGHANI Azita, postdoc (2011-2012)
• TIMPANO Hélène, postdoc ATER Univ. Paris 11 (2012-2014)
• CHAN HO TONG Laetitia, IE ANR (2012-2014)
• BOUILLON Julien, Stagiaire MASTER 2 et IE CDD
• BOUCHER Charlie, AI CDD
• FOLICHON Marc, étudiant maîtrise (1998-1999)
• PARDIEU Claire, étudiante DEA de Microbiologie (2000)
• LEPERE Gersende, étudiante DEA de Génétique 1er stage (2002)
• KLAPHOLZ Benjamin, étudiant DEA de Génétique 1er stage (2003)
• MARCHAIS Antonin, étudiant DEA de Génétique 2ème stage (2004)
• KHALILI Hamid, étudiant DESS de Génomique Fonctionnelle (2004)
• LIU Jin, Stagiaire MASTER 2
• POIDEVIN Laetitia, Stagiaire MASTER 2
• GIRODET Charlène, Stagiaire MASTER 2
• DELAITRE François, Stagiaire MASTER 2
• IVANOFF Dimitri, Stagiaire MASTER 2
• FOREST Thomas, Stagiaire MASTER 2
•  

Anciens membres associés

• GRAZIANI Stéphane, doctorant Univ. P11 Sud
• MARTINS Marta, doctorante Univ. P7 Denis Diderot
• NARUZAWA Erika, doctorante Université Laval (Québec)
• LACAZE Isabelle, doctorante Univ. P7 Denis Diderot/CSTB
• BERNIER Louis, Professeur Université Laval, (Québec)
• LEVERT Emilie, IE

base de données en cours d’élaboration : pour avoir un aperçu, se connecter avec l’identifiant/mot de passe “guest”/”guest”.

Diffusion des connaissances

Nouveau et gratuit

• le livre de Génétique (ISBN 978-2-9555841-3-2), en version PDF gratuite
  

  et toujours disponibles gratuitement

• Le livre sur Podospora anserina (ISBN 978-2-9555841-2-5), en version PDF gratuite
  

• Le livre sur les Bases Fondamentales de la Biologie (ISBN 978-2-9555841-1-8), en version PDF gratuite
  

• Le livre de Microbiologie eucaryote (ISBN 978-2-9555841-0-1), en version PDF gratuite
  

• La création radiophonique de la RTBF: ‘Une pour tous, tous par une’ : une immersion dans l’univers méconnu des microbes, des bactéries, des champignons
• Le documentaire de France Culture sur les champignons: Les champignons sortent du bois

Liens de téléchargements des cours pour les étudiants de l’Université de Paris

• Le cours online de Génétique de Licence. Il reprend le cours en version PDF disponible ici. Ce cours contient encore des coquilles: merci de me les signaler… ici
• Annales de M1 (Archive zip)
• fichier zip des présentations du M1 microbio eucaryotes

Initialement centrées sur des phénomènes de dégénérescences cellulaires, nos recherches ont débouché sur une meilleure compréhension de divers aspects de la biologie des champignons. Nous avons opté pour effectuer nos expériences sur un organisme “modèle” – le champignon filamenteux Podospora anserina – car celui-ci est très facile à étudier au laboratoire: la durée de son cycle est d’une semaine, il se cultive sur des milieux simples et il est possible de l’analyser génétiquement et moléculairement. En particulier, il est facile de sélectionner ou fabriquer des mutants de cet organisme. Actuellement, nous augmentons le nombre d’espèces de champignons sur lesquelles nous effectuons nos travaux, en nous concentrant sur des espèces proches de P. anserina appartenant à l’ordre des Sordariales.

Comme la majorité des champignons, P. anserina a un cycle qui fait alterner une forme mycélienne et une forme sporale:

• La forme mycélienne est la forme trophique. Elle possède les caractéristiques classiques des mycéliums de Pezizomycotina: extension apicale, septation et anastomoses pour former un syncytium. Néanmoins, au cours de sa croissance mycélienne, P. anserina présente spécifiquement au moins deux processus rapides de vieillissement cellulaire: la Sénescence étudiée depuis maintenant plus de 70 ans et Crippled Growth que nous avons découvert au laboratoire. Ces deux dégénérescences sont sous le contrôle d’éléments génétiques non conventionnels qui sont des “déterminants cytoplasmiques et infectieux”. De tels éléments sont très répandus chez les champignons et ne sont pas des éléments génétiques classiques (plasmides, virus…) mais plutôt des éléments épigénétiques responsables d’instabilités phénotypiques. De plus, dans la nature, le mycélium de P. anserina croit sur des excréments d’herbivore, un milieu envahi par de nombreuses autres espèces fongiques. Nous avons montré que le mycélium de P. anserina présente un mécanisme de défense contre les compétiteurs éventuels appelé Interférence Hyphale.

• La forme sporale est obtenue uniquement après méïose sous forme d’ascospores, qui servent à la dissémination du champignon. Ces ascospores sont produites dans des structures pluricellulaires différentiées (les périthèces) au cours de la reproduction sexuée. Le développement des périthèces est contrôlé par de nombreux facteurs incluant la carence et la lumière. Une fois produites les ascospores sont éjectées de manière active à l’extérieur du perithèces. Elles ne germent pas spontanément mais nécessitent un stimulus (passage à travers le tube digestif d’un herbivore) que l’on recrée facilement au laboratoire.

Notre but est de comprendre comment les différentes étapes du cycle de P. anserina sont régulées. Nous étudions plus particulièrement le rôle des voies MAP kinases et des NADPH oxydases de P. anserina car elles interviennent à différents niveaux du cycle, incluant Crippled Growth, la reproduction sexuée, l’Interférence Hyphale et la différenciation de structures mises en place par le champignon pour pénétrer la biomasse végétale. Nous avons aussi montré que ces voies régulent la dégradation de la biomasse végétale et notre activité s’oriente aussi vers le décryptage des mécanismes moléculaires de dégradation de la biomasse, principalement celle de la lignine. Enfin, nous participons à des programmes qui visent à mieux comprendre l’évolution des Sordariales et plus particulièrement celle de leurs génomes.

Pour en savoir plus consultez nos publications !!!

Une des spécificités de l’équipe GEC est sa participation importante dans des enseignements de microbiologie eucaryotes au niveau L et M et plus spécifiquement de mycologie en L2/L3 et M2. Pour le niveau M, les enseignements sont dispensés au sein du Master de Biologie Moléculaire et Cellulaire en UE obligatoire dans le cadre du parcours de Microbiologie de M1 et en UE optionnelle pour les autres parcours sur l’Origine, diversité et Biologie des Microorganismes Eucaryotes; pour le M2, il s’agit d’un parcours spécifique de Mycologie Environnementale et Médicale intégré au parcours plus général de Microbiologie avec lequel il partage des enseignements. Pour en savoir plus sur le parcours de Microbiologie du Master BMC cliquez ici.

Présentation de l’UE de M1 Origine, diversité et Biologie des Microorganismes Eucaryotes

resp. Philippe Silar – 6 ects

Progamme des cours:

• Cours de M. Silar (15h)

  • Origine de la cellule eucaryote
  • Grands évènements jalonnant l’évolution des eucaryotes
  • Diversité du monde eucaryote: La nouvelle classification phylogénétique des eucaryotes
  • Rôles des protistes eucaryotes dans la biosphère: Les biotopes à l’échelle des microbes eucaryotes, Cycle global du carbone, Cycle de l’azote et autres cycles géochimiques
  • Interactions des protistes avec les sociétés humaines : Rôles dans l’alimentation, Rôle dans l’industrie pharmaceutique : les métabolites secondaires, Les parasites de l’homme et de ses animaux commensaux, Les parasites des plantes et des autres eucaryotes

• Cours de M. Brun (10h)

  • Un exemple de cellule eucaryote, Saccharomyces cerevisiae
  • Biologie, Culture et Nutrition
  • Synthèse et Structure des Macromolécules
  • Insertion des Macromolécules dans la Physiologie Cellulaire
  • Cycle et Division Cellulaire
  • La Phase Stationnaire et autres conditions physiologiques
  • La Reproduction Sexuée
  • Utilisation de la Levure par l’Homme

• Cours de M. Lalucque (10h)

  • Un exemple d’analyse d’un phénomène biologique utilisant un modèle de microbe eucaryote : le phénomène PSI chez la levure Saccharomyces cerevisiae
  • Méthodes génétiques, génomiques, biochimiques et cytologiques

• TD: présentations de groupes phylogénétiques par les étudiants et corrections d’annales

Contrôle des connaissance: présentation orale de TD = CC 30% de la note + examen final : 70%

Présentation du parcours de Mycologie Environnementale et Médicale

resp. Philippe Silar

Le parcours est un des trois parcours du M2 de microbiologie du Master BMC de l’Université de Paris. Pour en savoir plus sur le M2 de Microbiologie cliquez ici.

2 UE sont spécifiques au parcours :

I- UE Outils modernes d’analyse de la biodiversité fongique – 6 ects

• A – Acquisition de notions approfondies de la biologie, de la diversité et de la classification des champignons

  Programme du cours 2022-2023

  • Généralités, Styles de vie fongique (P. Silar, LIED)
  • Diversité, phylogénie et classification (P. Silar, LIED)
  • Programmes de développement (P. Silar, LIED)
  • Evolution des génomes fongiques (P. Silar, LIED)
  • L’exemple des Sordariales (P. Silar, LIED)

• B – Biodiversité des Microorganismes Eucaryotes – Acquisition des méthodes pour étudier les Big Data (génomique, transcriptomique, métagénomique) pertinents aux champignons

  • Notions de bioinformatiques, phylogénie et constructions d’arbres phylogénétiques : 2 TD de 2.5 h (Christophe Lalanne)
  • Première approches de génomiques: assemblage de génome, de transcriptomes et analyses quantitives de transcriptomes (atelier pratique d’une semaine: Christophe Lalanne & Philippe Silar)

II- UE en partenariat avec Sorbonne Université:BIOLOGIE MOLECULAIRE ET CELLULAIRE DES AGENTS INFECTIEUX ET DE LA CELLULE HOTE – 12 ects

équipe pédagogique: Christophe Hennequin, Olivier Silvie & Valérie Soulard – Code de l’UE : 5V641

a) Objectifs de l’Unité d’Enseignement Ce module est le premier module du parcours de M2 Parasitologie/Mycologie fondamentale et médicale de Sorbonne Université . Son objectif est la formation des personnes qui auront en charge la lutte contre les maladies parasitaires et fongiques, qu’elles soient humaines ou animales. Cette formation passe par une meilleure connaissance, au niveau cellulaire et moléculaire, du parasite, du phénomène parasitaire et des interactions hôte-parasite. Les outils de la biologie cellulaire et de la biologie moléculaire ont permis dernièrement des avancées remarquables dans la connaissance des agents et processus parasitaires. Ce savoir est la base indispensable aux parasitologues, qu’ils soient fondamentalistes ou plus impliqués dans une démarche clinique, diagnostique, thérapeutique ou encore dans des actions de valorisation. Il leur permettra de mieux appréhender la physiopathologie des maladies parasitaires et fongiques et d’aborder sur une base rationnelle les stratégies vaccinales et thérapeutiques. Le module s’achève par un exposé des étudiants (validation du module sous forme d’une analyse critique de projets et/ou d’articles scientifiques).

b) Thèmes abordés
Evolution, phylogénie, relation génotypes/phénotypes, diversité etc. application aux parasites

Parasites et Champignons: génome, banque de données, expression génique, transcriptome, protéome, analyse bio-informatique Etude de la variation antigénique, systèmes d’échappement

Régulation de la transcription et ARN interférence dans l’analyse de la biologie cellulaire de protozoaires parasites

Physiopathologie des infections fongiques

Mobilité de protozoaires parasites et processus pathogène

Molécules de surface et mécanismes de transport

Mécanismes d’action de molécules antiparasitaires et résistances

Quelques témoignages d’anciens étudiants du M2:

• AM (2015) thèse à l’INRA présentée en 2019 – intègre une startup en 2019

  Le Master IMVI m’a permis de développer tout un panel de compétence adapté à mes centres d’intérêts scientifiques. La première année aborde des disciplines générales autours de la microbiologie sous forme de cours magistraux, travaux dirigés et travaux pratiques. J’ai été formé en bactériologie, génétique/génomique, biologie moléculaire et bioinformatique et c’est ensuite en M2 que j’ai pu choisir un parcours axé vers la mycologie environnementale et médicale. Les six mois de stage en fin de parcours m’ont permis de travailler dans un laboratoire de recherche en pathologie fongique végétale, où je fais finalement ma thèse. Les cours du M2 ont surtout lieu sous forme de séminaires et d’interventions, et la notation de l’année se fait principalement sur des écrits de type rapport bibliographique, exposés scientifiques… Quelque chose qui se rapproche finalement des compétences régulièrement sollicitées chez un jeune chercheur. Je garde un excellent souvenir de cette formation.

• AD (2016) en thèse

  Après l’obtention d’une licence en Sciences pour la Santé à l’Université Paris Descartes, j’ai souhaité approfondir mes connaissances en microbiologie afin de réaliser une thèse dans ce domaine. Le master IMVI est une très bonne formation dispensée par des enseignants-chercheurs compétents qui m’ont accompagné jusqu’à l’obtention de ma bourse de thèse. Le M1 m’a fourni des bases théoriques dans les divers domaines de la biologie afin d’avoir une formation aussi complète que possible de manière à nous préparer au mieux à pouvoir faire face aux différents aspects d’un projet de recherche. Le M1 IMVI m’a aussi donné une vue d’ensemble de la microbiologie de façon à choisir au mieux ma spécialisation en M2 en mycologie environnementale et médicale. Le M2 s’inscrit dans la continuité du M1 en nous fournissant une formation théorique et surtout pratique de très bon niveau dans le domaine choisi.

• CL (2016) attaché scientifique en industrie pharmaceutique en CDI

  Après l’obtention d’une licence en Sciences pour la Santé à l’Université Paris Descartes, j’ai suivi le Master IMVI en me spécialisant en Microbiologie, pour ensuite faire le M2 Microbiologie-Mycologie environnementale et médicale. J’ai beaucoup appris lors de mon parcours, grâce à cette formation, que j’ai trouvé très complète. J’ai été très suivie pendant ces deux années de Master grâce aux enseignants qui ont à cœur la réussite de leurs étudiants. Même si la formation est axée principalement vers la recherche, elle m’a permise d’acquérir des compétences diversifiées et une réelle expérience qui sont des atouts importants aussi recherchés en entreprise tels que la capacité à réfléchir à des problèmes complexes et la capacité d’adaptation… J’ai décidé de ne pas poursuivre une thèse et j’ai été embauchée en CDI en tant qu’attachée scientifique en information médicale en industrie pharmaceutique.