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Une lecture trop rapide des documents du LIED pourrait suggérer que les trois pôles thématiques dissimulent une simple répartition disciplinaire des enquêtes et des chercheurs, Territoires et sociétés rassemblant les sciences sociales du LIED, Systèmes vivants sa biologie et Efficacité énergétique sa physique.
Il n’en est rien : cette répartition en trois domaines caractéristiques découle d’une conception à la fois pragmatique et très articulée, qui fait consensus à l’intérieur du LIED, des rapports entre discipline et pratique interdisciplinaire.
Ce sujet, crucial pour l’équilibre du laboratoire, fait l’objet d’une réflexion constante de la part des chercheurs du LIED. Il influe sur la définition de ses thèmes de recherches, sur son organisation et sur son fonctionnement.